Tiền thân của Khoa Khoa học và Kỹ thuật Máy tính là Bộ môn Điện toán, thuộc khoa Điện - Điện tử, trường Đại học Bách Khoa TP. Hồ Chí Minh.
Năm 1985, Bộ môn Điện toán được tách ra thành Trung tâm điện toán.
Đến năm 1993, Khoa chính thức được thành lập với tên ban đầu là Khoa học Máy tính, và sau đó được đổi thành Công nghệ thông tin.
Năm 2007, khoa được tái cơ cấu lại thành Khoa Khoa học và Kỹ thuật Máy tính như hiện nay để đáp ứng nhu cầu nhân lực ngày càng tăng theo sự phát triển của đất nước.
BAN CHỦ NHIỆM KHOA

PGS.TS.
PHẠM TRẦN VŨ
TRƯỞNG KHOA
Quản lý chung toàn khoa
Phụ trách chiến lược, nhân sự, tài chính

PGS.TS.
QUẢN THÀNH THƠ
PHÓ TRƯỞNG KHOA
Phụ trách quản lý đào tạo: Đại học, CT, Chất lượng cao và Sau Đại học

PGS.TS.
TRẦN NGỌC THỊNH
PHÓ TRƯỞNG KHOA
Phụ trách lĩnh vực Khoa học Cộng Nghệ và Dự án, Quan hệ Đối ngoại

ThS.
NGUYỄN CAO TRÍ
PHÓ TRƯỞNG KHOA
Phụ trách cơ sở vật chất và Đoàn Thanh niên – Hội Sinh viên
LÃNH ĐẠO ĐƠN VỊ QUA CÁC THỜI KỲ

GS.TS. NGND.
PHAN THỊ TƯƠI
GIAI ĐOẠN 1993 – 1997

TIẾN SĨ
NGUYỄN THANH SƠN
GIAI ĐOẠN 1997 – 2002

TIẾN SĨ
PHẠM TƯỜNG HẢI
GIAI ĐOẠN 2002 – 2007

PGS. TS.
THOẠI NAM
GIAI ĐOẠN 2007 – 2017

PGS. TS.
PHẠM TRẦN VŨ
GIAI ĐOẠN 2018 – NAY